El Tribunal Supremo ha emitido varias sentencias en las que confirma que los informes emitidos por el Ministerio de Ciencia e Innovación (MCIN) sobre la deducción fiscal por innovación tecnológica tienen un carácter vinculante para la Agencia Estatal de Administración Tributaria (AEAT). Las sentencias anulan resoluciones previas de la Audiencia Nacional que respaldaban los informes del Equipo de Apoyo Informático (EAI), una unidad interna de la AEAT, por contradecir los dictámenes del MCIN.
El caso se centra en la interpretación del artículo 35.4 del Texto Refundido de la Ley del Impuesto sobre Sociedades (TRLIS) de 2004, que estuvo vigente hasta 2014. Según esta normativa, las empresas pueden solicitar un informe al MCIN para justificar la deducción fiscal por actividades de innovación tecnológica. Dicho informe es vinculante para la Administración en su totalidad, tanto en la calificación de los proyectos como en la evaluación de las inversiones y gastos presentados por las empresas.
El Tribunal Supremo subraya que este informe vinculante debe ser respetado por todos los órganos de la AEAT, sin posibilidad de ser rebatido o ignorado, lo que implica que la AEAT no puede invalidar la deducción fiscal mediante informes internos contradictorios.
Las sentencias, identificadas con los números de recurso 948/2023, 1633/2023 y 1635/2023, estiman los recursos de casación interpuestos por varias empresas. Estas empresas cuestionaban la validez de las liquidaciones de la AEAT que les negaban la deducción fiscal por innovación tecnológica, a pesar de contar con un informe favorable del MCIN.
El Tribunal Supremo declara nulas las sentencias de la Audiencia Nacional que respaldaron las decisiones de la AEAT, destacando que estas vulneran el carácter vinculante del informe del MCIN. Según el Supremo, la AEAT no puede utilizar documentos internos para desvirtuar la validez de un informe vinculante emitido por un órgano especializado por el Ministerio de Ciencia.
El Tribunal Supremo ha puesto énfasis en que el informe del MCIN constituye una prueba que debe ser respetada por la Administración tributaria, ya que se trata de un documento que certifica el derecho de las empresas a aplicar una deducción fiscal. Frente a esto, el informe emitido por el Equipo de Apoyo Informático (EAI) de la AEAT, que no cuenta con la independencia ni los conocimientos técnicos especializados del MCIN, carece de la validez necesaria para contradecir el dictamen emitido por el Ministerio.
El Alto Tribunal también señala que, aunque en casos excepcionales la AEAT pudiera presentar una prueba que contradiga al informe del MCIN, esta no puede basarse en una prueba interna generada por la propia Agencia. Además, cualquier prueba que contradiga un dictamen vinculante debería ser presentada como una prueba pericial independiente y no como un documento administrativo interno.
Las tres sentencias dictadas por el Tribunal Supremo declaran nulas las liquidaciones emitidas por la AEAT que negaban la deducción por innovación tecnológica a las empresas recurrentes. Con este fallo, se reconoce a las compañías su derecho a aplicar la deducción fiscal correspondiente en el Impuesto sobre Sociedades, según lo establecido en los informes del MCIN.
Estas resoluciones del Supremo establecen un precedente importante, reafirmando la obligación de la Administración tributaria de respetar los informes vinculantes emitidos por organismos especializados y garantizando la seguridad jurídica de las empresas en la aplicación de las deducciones fiscales por innovación tecnológica.
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